常在菌とは、私たちの身体に、常に存在する微生物（細菌）のことをいいます。
一見、清潔に見える健康な皮膚にも、目に見えない微生物が多数存在します。
基本的には、人の健康に影響を与えず、共生関係にありますが、免疫力の低下により感染を起こすこともあります。また、それとは逆に、安定して多数で存在することにより、侵入した病原性微生物の繁殖を抑え、発病を防ぐ効果もあると考えられています。強力な抗生物質の使用などにより常在菌が極端に減ってしまうと、他の細菌やカビなどが繁殖することがあります。